Футбольный клуб «Бананц» был основан в январе 1992 года, то есть практически сразу после распада СССР. Отцом-основателем команды является  армянский бизнесмен Саркис Исраелян. Своё название клуб получил в честь родного села Исраеляна, которое расположено в Азербайджане. В первые годы своего существования «Бананц» базировался в городе Абовян. Буквально сразу же новоиспеченная команда добивается успехов на внутренней арене, занимая второе место в чемпионате и завоевывая Кубок страны. В третий год своей истории клуб объединяется с другой командой из Абовяна – «Котайком» – и теряет своё название.

Лишь в 2001 году Саркис Исраелян возрождает клуб, постоянной пропиской которого становится Ереван. В 2003 году «Бананц» объединяется с другой командой Исраеляна – «Спартаком». Примечательно, что при выборе названия для объединенной команды руководитель использовал спортивный принцип. Имя новому клубу должна была дать та команда, которая по итогам сезона окажется сильней в чемпионате. В итоге «Бананц» выступил лучше, тем самым, сохранив историческое название.

На протяжении всей своей истории «Бананц» является одним из лидеров армянского футбола. Однако до золотых медалей ереванцы так ни разу и не добирались, пять раз завоевывая «серебро». В 2007 году «Бананц» второй раз стал обладателем Кубка Армении.